калькулятор харди-вайнберга
гены популяции

GenoMprofessional

Добро пожаловать !

Эта программа рассчитывает вероятности аллелей одного локуса на основании данных о поголовье
(количестве объектов) фенотипов. Расчет производится на основании закона Харди - Вайнберга.
Расчет производится сразу по трем критериям - по критерию максимума правдоподобия,
минимума суммы квадратов отклонений ( разности фактических и расчетных частот фенотипов)
и минимума суммы квадратов нормированных (к фактическому поголовью фенотиппов) отклонений.
Сравнение результатов расчетов по разным критериям позволяет оценить их точность и устойчивость.
Количество аллелей ограничено - максимум 50 аллелей.
Количество фенотипов ограничено - максимум 1500 фенотипов.
Наименование аллеля определяется перечнем тестов (антигенов, внешних признаков, результами
анализов и т.п.), обнаруживаемых (дающих положительную реакцию) при наличии в генотипе
соответствующего аллеля.
В наименовании тестов заглавные и строчные буквы считаются разными буквами - DА и Dа - это
разные тесты. Тесты в наименовании аллеля разделяются одним или несколькими пробелами.
Внутри названий тестов пробелов не должно быть.
Порядок перечисления тестов не имеет значения. Повторы тестов в наименовании аллеля будут
устранены автоматически.
Каждый тест может реагировать на несколько аллелей.
Не должно быть двух и более аллелей с одинаковы списком тестов.
Количество наименований тестов ограничено - максимум 50 тестов.
Список фенотипов формируется программой автоматически на основании наименований аллелей.
Предусмотрены два способа формирования списка фенотипов - кодоминирование аллелей по
отношению ко всем тестам (тесты реагируют на оба гена) и доминирование (тесты реагируют только на
доминирующий аллель). В последнем случае перечень аллелей следует записывать в порядке убывания
доминирования - каждый аллель списка является доминирующим по отношению к последующим
аллелям и рецессивным по отношению к предшествующим.
Программа, кроме вероятности аллелей, рассчитывает также расчетные частоты фенотипов, расчетное
поголовье фенотипов, расчетные частоты геномов, частоты гетерозигот и гомозигот, фактические и
расчетные частоты положительных реакций тестов.
Программа рассчитывает по критерию ХИ квадрат вероятность того, что фактическое распределение
поголовья по фенотипам соответствует закону Харди - Вайнберга.
Эта оценка будет статистически значимой, если сумма поголовья (объектов исследования) составляет
несколько сотен и более. При меньшем поголовье значение этой вероятности
может считаться весьма
ориентировочным. Кроме того, при расчете объединяются фенотипы с числом объектов, меньшим 7. Это
делается для того, чтобы исключить чрезмерное влияние маловероятных фенотипов.
Если указанная вероятность меньше 0,05 - соответствие закону Харди - Вайнберга очень плохое (его
почти наверняка нет).
Если указанная вероятность меньше 0,1 - соответствие закону Харди - Вайнберга очень маловероятно (его
скорее всего нет).
Если указанная вероятность меньше 0,3 - соответствие закону Харди - Вайнберга слабое.
Если указанная вероятность лежит в диапазоне 0,3 -0.95 - соответствие закону Харди - Вайнберга вполне
возможно. Экспериментальные данные неплохо (или хорошо) согласуются с
законом Харди - Вайнберга.
Если указанная вероятность превышает 0.95, есть основания сомневаться в честности исходных данных -
слишком уж все гладко. Это может указывать также на малый объем исходных данных.
Все эти пояснения, конечно, весьма субъективны. Объективно число, а не его трактовка.




Проход по ссылкам навигации

Copyright by Novoselskiy V. 2014 *
Web designer Kritsky V. 2015
breed.activbase.ru rrk.tvercenter.ru rcn.tvercenter.ru sds.tvercenter.ru